ექვთიმე ღვთისკაცის (თაყაიშვილი) დაიბადა 1863 წლის 3 იანვარს. შვიდი წლის ექვთიმე ოზურგეთის სამაზრო სასწავლებელში შეიყვანეს. ამ სკოლაში საღმრთო სჯულს ასწავლიდა ცნობილი პედაგოგი დეკანოზი სიმონ ქიქოძე, გამოჩენილი ქართველი მოღვაწის წმიდა გაბრიელი ეპისკოპოსის ძმა. სიმონ ქიქოძემ წარუშლელი შთაბეჭდილება დატოვა ექვთიმეზე.
ექვთიმე ოზურგეთიდან ფოთის სამაზრო სასწავლებელში გადაიყვანეს, შემდეგ კი ქუთაისის გიმნაზიაში. 1883 წ. გიმნაზიას ამთავრებს და პეტერბურგში მიემგზავრება უნივერსიტეტში სასწავლებლად. აქ ისტორია-ფილოლოგიის ფაკულტეტის მსმენელად ჩაირიცხა. 1887 წ. დაამთავრა უნივერსიტეტი და საქართველოსკენ გამოემართა.
საქართველოში მასწავლებლობას იწყებს. ასწავლის ბერძნულ და ლათინურ ენებს, ისტორიასა და გეოგრაფიას. 1887-94 წლებში თბილისის სათავადაზნაურო სკოლასა და კლასიკურ გიმნაზიაშია. 1894-1904 წლებში განაგებს სათავადაზნაურო გიმნაზიას.
წმიდა ექვთიმე ღვთისკაცი აქტიურად თანამშრომლობდა „ქართველთა შორის წერა-კითხვის გამავრცელებელ საზოგადოებაში".
ექვთიმე თაყაიშვილმა 1907 წ. დააარსა საქართველოს საისტორიო და საეთნოგრაფიო საზოგადოება, რომლის თავმჯდომარეც იყო 1921 წლამდე (ემიგრაციაში წასვლამდე), ეწეოდა ფართო არქეოლოგიურ საქმიანობას.
ექვთიმე თაყაიშვილი აქტიურად მონაწილეობდა თბილისის უნივერსიტეტის დაარსებაში. ყველა საორგანიზაციო საკითხი, უნივერსიტეტის წესდების შედგენიდან დაწყებული უმნიშვნელო წვრილმანებამდე, ექვთიმეს გარეშე არ წყდებოდა. იგი უნივერსიტეტის პირველი პროფესორი იყო. 1918 წ. 21 მაისს უნივერსიტეტის საბჭომ დირექტორის ხარისხი მიანიჭა.
1921 წ. საბჭოთა ხელისუფლების მოსვლის უმალ მენშევიკური მთავრობა ემიგრაციაში - საფრანგეთში წავიდა. მთავრობამ გადაწყვიტა, არავისთვის დაენებებინა საქართველოს სამუზეუმო ნივთები, ძვირფასეულობა, ქართველი ხალხის ეს დიდი შემოქმედების ნაყოფი. განძეულობის მეთვალყურედ ექვთიმე თაყაიშვილი დაინიშნა. განძეულობა გატანილი იქნა საფრანგეთში. 1921 წლიდან 1945 წლამდე ექვთიმე თაყაიშვილი საფრანგეთში იმყოფებოდა და ღირსებით ასრულებდა განძის მეთვალყურის მოვალეობას. მისი უდიდესი ნებისყოფისა და თავდაუზოგავი მცდელობის შედეგი იყო საქართველო საგანძურის დაცვა მეტად რთულ პირობებში.
1945 წელს სამშობლოში დაბრუნებული მხცოვანი მეცნიერი წერდა: „ორიოდე წლის სიცოცხლე დამრჩენია და, საბედნიეროდ, ისევ სამშობლოში მიწევს... მოვახმარ ჩემზე დარჩენილი ვალის ბოლომდე მოხდას: ვეცდები, აღარც ერთი ჩემი ხელთ ნამყოფი თუ ჩემ მიერ დათვალიერებული ძეგლი აღარ დარჩეს გამოუცემელი, მით უმეტეს, რომ ბევრი მათგანი უკვე იმსხვერპლა დრომ".
ექვთიმე თაყაიშვილი 1953 წლის თებერვალში გარდაიცვალა, განისვენებს მთაწმინდის მწერალთა და საზოგადო მოღვაწეთა პანთეონში.
2002 წლის 17 ოქტომბერს საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის წმიდა სინოდმა ექვთიმე თაყაიშვილი წმიდანად შერაცხა და მას სახელად წმიდა ექვთიმე ღვთისკაცი უწოდა. 2003 წლის მაისში თბილისში წმიდა ექვთიმეს სახლ-მუზეუმი და სამლოცველო გაიხსნა. ექვთიმე ღვთისკაცის ხსენების დღედ დაწესდა 3 იანვარი (ახალი სტილით 16 იანვარი).